Op elk van de IRIS-scholen functioneert een medezeggenschapsraad (MR), waarin personeelsleden, ouders en leerlingen zitting hebben. De MR overlegt met de rector/directeur van de school.

Naast en boven de medezeggenschapsraden functioneert vanaf mei 2000 de gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). De GMR bestaat uit 12 leden, twee van elke school, te weten één lid gekozen uit het personeel en één lid gekozen uit de ouders. De GMR overlegt met het college van bestuur.

De GMR van IRIS bestaat uit:

Eerste Christelijk Lyceum
Justine Zuidgeest PG (personeelsgeleding) voorzitter
Julie van Gool LG (leerlinggeleding)

HBM
Robbie de Wit PG
Kim Retra OG (oudergeleding)

Vakcollege Thamen
Saskia Reijns PG
Susanne van Pruissen OG

KSH
Joeri Vlaming PG
Asha Mees OG

Herbert Vissers College
Marco Schoorl PG
Renate Oostdam OG

Kaj Munk College
Doatske de Haan PG
Martin Blonk OG